Το Τμήμα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων δημιουργήθηκε τον Οκτώβριο του 1986, τη χρονιά που εγκαινιάστηκε το μουσείο. Τα προγράμματα απευθύνονται σε μαθητές της Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, λειτουργούν σε καθημερινή βάση και έχουν ως στόχο τη δημιουργική επαφή των παιδιών με τον αρχαίο πολιτισμό, αλλά και το χώρο του Μουσείου γενικότερα.

Το Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης πραγματοποιεί live streaming διαδραστικές ξεναγήσεις για τα σχολεία, καθώς, λόγω πανδημίας, δεν μπορούν αυτό το διάστημα να το επισκεφθούν. Οι μαθητές παρακολουθούν διαδικτυακά ξενάγηση στις εκθέσεις του Μουσείου από τους μουσειοπαιδαγωγούς ενώ μπορούν να θέτουν ερωτήματα, να αλληλεπιδράσουν και να συμμετέχουν σε διάφορες δραστηριότητες κατά τη διάρκεια της ξενάγησης.

Με τον τρόπο αυτό, μαθητές από όλο τον κόσμο έχουν τη δυνατότητα πλέον να επισκεφθούν το Μουσείο: Ηδη τον Απρίλιο το πρόγραμμα πραγματοποιήθηκε σε σχολεία της Ελλάδας και του εξωτερικού- μεταξύ των οποίων και το ελληνικό σχολείο Βρυξελλών- και πάνω από 150 παιδιά επισκέφθηκαν διαδικτυακά το Μουσείο. Το πρόγραμμα «Zoom στα σχολεία» θα πραγματοποιείται όλο τον Μάϊο και τον Ιούνιο με δύο διαθέσιμες διαδραστικές ξεναγήσεις: μία στη μόνιμη συλλογή Κυκλαδικής Τέχνης του Μουσείου  και μία στην περιοδική έκθεση «Αρχαιολατρεία και Φιλελληνισμός. Συλλογή Θανάση και Μαρίνας Μαρτίνου». 

Το πρόγραμμα υλοποιείται με την υποστήριξη της Eurolife FFH, στρατηγικού συνεργάτη του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης.

Με αίσθημα ευθύνης απέναντι στους επισκέπτες και τους εργαζόμενους,  το Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης συνεργάστηκε με την εταιρία πιστοποίησης SGS για την εφαρμογή προγράμματος που επικυρώνει την αποτελεσματικότητα και τη σωστή εφαρμογή όλων των διαδικασιών καθαρισμού και απολύμανσης κατά του ιού SARS-COV-2 (Covid-19).  Μετά από ενδελεχή έλεγχο, το Μουσείο έλαβε το Σήμα SGS Disinfection Monitored για όλους τους χώρους του (χώρους εκθέσεων, γραφεία, χώρους εκπαιδευτικών προγραμμάτων, Cycladic Shop, Cycladic Café, εισόδους), γεγονός που εξασφαλίζει την ασφαλή λειτουργία του. 

Για τη σχολική χρονιά 2020-2021, για λόγους πρόληψης και προστασίας από 
τον COVID-19, ισχύουν τα παρακάτω:

• Στο Μουσείο θα πραγματοποιείται κάθε φορά επίσκεψη από ένα  και μόνο τμήμα σχολικής τάξης. Τηρώντας τις οδηγίες και τους κανόνες που αφορούν στις επισκέψεις στα Μουσεία, οι μαθητές θα χωρίζονται σε μικρότερες ομάδες και θα ξεναγούνται σε διαφορετικές αίθουσες. 

• Το Μουσείο ακολουθεί όλους τους κανόνες υγιεινής και όλοι  οι χώροι απολυμαίνονται διαρκώς από πιστοποιημένο συνεργείο καθαρισμού

• Στις αίθουσες με τις Συλλογές και στους  χώρους όπου πραγματοποιούνται τα εκπαιδευτικά προγράμματα, τα συστήματα κλιματισμού και εξαερισμού  λειτουργούν τηρώντας τις κρατικές οδηγίες ασφαλούς λειτουργίας και, σε κάποιες περιπτώσεις,  οι χώροι  αερίζονται με φυσικό εξαερισμό.

• Στις αίθουσες τηρούνται οι απαιτούμενες αποστάσεις.

• Κατά την είσοδο στο Μουσείο από τη Νεοφύτου Δούκα, οι μαθητές και οι εκπαιδευτικοί  φορούν μάσκα και  θερμομετρούνται.

• Η χρήση μάσκας για τoυς μαθητές και τους εκπαιδευτικούς,  κατά τη διάρκεια του εκπαιδευτικού προγράμματος, είναι υποχρεωτική.