Τα Κτήρια
Στο Κεντρικό Κτίριο βρίσκονται οι αίθουσες των μόνιμων συλλογών και η Νέα Πτέρυγα του μουσείου, ενώ στο Μέγαρο Σταθάτου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις.
ΜΕΓΑΡΟ ΣΤΑΘΑΤΟΥ
Έργο του αρχιτέκτονα Ernest Ziller, το Μέγαρο Σταθάτου είναι ένα από τα σημαντικότερα δείγματα νεοκλασικής αρχιτεκτονικής του 19ου αιώνα στην Αθήνα. Η είσοδός του βρίσκεται στη συμβολή των οδών Βασιλίσσης Σοφίας και Ηροδότου 1, η πρόσβαση όμως είναι δυνατή και από το κτήριο της Νεοφύτου Δούκα. Το κτήριο φιλοξενεί περιοδικές εκθέσεις του Μουσείου ενώ είναι ανοιχτό στο κοινό και ως αρχιτεκτονικό μνημείο.
Το Μέγαρο Σταθάτου άρχισε να κτίζεται το 1895 ως κατοικία της μεγαλοαστικής οικογένειας του Όθωνος και της Αθηνάς Σταθάτου, στην οποία και ανήκε μέχρι το 1938. Στη συνέχεια, φιλοξένησε κατά περιόδους διπλωματικές αντιπροσωπείες διαφόρων κρατών. Το 1982 αγοράστηκε από την Ελληνική Εταιρεία του Δημοσίου και αναπαλαιώθηκε από τον αρχιτέκτονα Π. Καλλιγά με σκοπό να χρησιμοποιηθεί ως ξενώνας για επίσημους προσκεκλημένους του κράτους. Για διάφορους λόγους το σχέδιο αυτό δεν εφαρμόστηκε ποτέ και το 1991 το κτήριο παραχωρήθηκε στο Μουσείο προς κάλυψη των αυξημένων εκθεσιακών αναγκών του. Το 2001, το ελληνικό κράτος αποφάσισε την παραχώρηση της χρήσης του για άλλα 50 χρόνια στο Ίδρυμα Ν.Π. Γουλανδρή.
Το κτήριο αποτελεί αντιπροσωπευτικό δείγμα του Νεοκλασικισμού, καθώς συνδυάζει με αρμονικό τρόπο στοιχεία από την ελληνική και τη ρωμαϊκή αρχιτεκτονική αλλά και από νεότερες επιδράσεις. Η κλιμακωτή είσοδος είναι αναγεννησιακού ρυθμού και πλαισιώνεται από μια διώροφη τοξωτή πρόσοψη ενώ δύο γυναικεία αγάλματα -της Αθηνάς και της Τύχης δεσπόζουν στη στέγη του.
Στο υπερυψωμένο ισόγειο του κτηρίου βρίσκονται η τραπεζαρία και το μεγάλο σαλόνι του αρχοντικού καθώς και μια μεταλλική ροτόντα στον άξονα της εισόδου. Οι χώροι αυτοί δεν έχουν υποστεί μετατροπές και διατηρούν τις χρυσοποίκιλτες γύψινες διακοσμήσεις στους τοίχους, τους πολυελαίους και τα τζάκια. Ένα μεγάλο κλιμακοστάσιο οδηγεί στον πρώτο όροφο όπου βρίσκονταν κάποτε τα υπνοδωμάτια της οικίας. Ο πρώτος όροφος διαμορφώθηκε σε λειτουργικό, μουσειακό-εκθεσιακό χώρο, χωρίς καμία απολύτως οικοδομική παρέμβαση, με τη συνεργασία του Αμερικανού σχεδιαστή Μουσείων Elroy Quenroe.
Το υπόγειο του κτηρίου, όπου βρίσκονταν η κουζίνα και οι βοηθητικοί χώροι του Μεγάρου Σταθάτου, φιλοξενεί σήμερα τα γραφεία και τις υπηρεσίες του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης. Στο βάθος του κήπου, δεξιά από την κεντρική είσοδο, βρίσκεται ένα βοηθητικό κτίσμα που χρησίμευε ως αμαξοστάσιο, στάβλος και κατάλυμα του προσωπικού. Σήμερα το κτήριο αυτό στεγάζει δημόσιες υπηρεσίες.
ΚΕΝΤΡΙΚΟ ΚΤΗΡΙΟ
Το κτήριο στην οδό Νεοφύτου Δούκα 4, σχεδιάστηκε το 1985 από τον αρχιτέκτονα Ιωάννη Βικέλα για να στεγάσει τις μόνιμες συλλογές του Μουσείου. Στην πρόσοψή του συνδυάζει το μάρμαρο και το γυαλί, αναπαράγοντας την αίσθηση της λιτότητας και της διάχυσης του ανακλώμενου φωτός που κυριαρχεί στο κυκλαδικό τοπίο.Στο εσωτερικό δεσπόζουν οι απέριττες γραμμές και η μοντέρνα αισθητική, με υλικά που συναντά κανείς στις Κυκλάδες, όπως το μάρμαρο και ο γρανίτης.
Το κτήριο διαθέτει 4 ορόφους με εκθεσιακούς χώρους συνολικού εμβαδού 2.300 μ² και στεγάζει επίσης το Cycladic Café και το Cycladic Shop. Το 2007 στο κτήριο προστίθεται η Νέα Πτέρυγα Ντόλλη Γουλανδρή όπου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις και το Εκπαιδευτικό Τμήμα του Μουσείου.