Το ΜΚΤ στεγάζεται σε δύο ξεχωριστά κτίρια, τα οποία συνδέονται μεταξύ τους εσωτερικά: στο Κεντρικό Κτίριο βρίσκονται οι αίθουσες των μόνιμων συλλογών και η Νέα Πτέρυγα του μουσείου, ενώ στο Μέγαρο Σταθάτου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις.

• Μέγαρο Σταθάτου

  Έργο του αρχιτέκτονα Ernest Ziller, το Μέγαρο Σταθάτου είναι ένα από τα σημαντικότερα αρχιτεκτονικά δείγματα του νεοκλασσικισμού στην Αθήνα. Από το 1991 φιλοξενεί τις περιοδικές εκθέσεις του μουσείου. Η είσοδος βρίσκεται στη συμβολή των οδών Βασιλίσσης Σοφίας και Ηροδότου 1, η πρόσβαση είναι όμως δυνατή και από το αίθριο του Κεντρικού Κτιρίου, μέσω ενός ειδικά διαμορφωμένου διαδρόμου στεγασμένου με γυαλί.

• Κεντρικό Κτίριο

  Το Κεντρικό Κτίριο, στην οδό Νεοφύτου Δούκα 4, κατασκευάστηκε το 1985 από τον αρχιτέκτονα Ιωάννη Βικέλα για να στεγάσει τις μόνιμες συλλογές του ΜΚΤ. Το κτίριο διαθέτει 4 ορόφους με εκθεσιακούς χώρους συνολικού εμβαδού 2.300 μ², αποθήκες, εργαστήρια και χώρους γραφείων.