Κεντρικό Κτήριο

Στην πρόσοψή του συνδυάζει το μάρμαρο και το γυαλί, αναπαράγοντας την αίσθηση της λιτότητας και της διάχυσης του ανακλώμενου φωτός που κυριαρχεί στο κυκλαδικό τοπίο. Στο εσωτερικό δεσπόζουν οι απέριττες γραμμές και η μοντέρνα αισθητική, με υλικά που συναντά κανείς στις Κυκλάδες, όπως το μάρμαρο και ο γρανίτης.

Το κτήριο διαθέτει 4 ορόφους με εκθεσιακούς χώρους συνολικού εμβαδού 2.300 μ² και στεγάζει επίσης το Cycladic Café και το Cycladic Shop. Το 2007 στο κτήριο προστίθεται η Νέα Πτέρυγα Ντόλλη Γουλανδρή όπου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις και το Τμήμα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Μουσείου.